Madrasah Tsanawiyah Ma’arif NU 1 Purwojati pada awal berdirinya bernama PGA 4 Tahun Al-Hidayah yang berlokasi di Desa Kaliwangi Kecamatan Purwojati. Madrasah tersebut terdiri atas kesepakatan bersama antara beberapa tokoh yang aktif dalam lembaga Al-Hidayah, tepatnya pada tanggal 5 Januari 1970. Madrasah tersebut dikelola dibawah asuhan dan beradaban hukum Al-Hidayah.

Adapun tokoh-tokoh yang mempelopori berdirinya PGA 4 Tahun Al-Hidayah ini antara lain:

1. KH. Ali Muchlas
2. H. Muhammad Hasyim
3. H. Abdul Hasan
4. K. Mustofa Al-Kis
5. K. Nasrudin
6. H. Ridwan
7. H. Karsin Wirawiyata
8. K. Kamali
9. H. Husni
10. KH. Abdul Falah
11. Rejawikarta
12. K. Mustaraji
13. Rojikun
14. Narko

MTs Ma’arif NU 1 Purwojati Kabupaten Banyumas mengalami tujuh kali pergantian Kepala, antara lain sebagai berikut:

1. Bapak Mustofa Al-Kis (sejak berdiri hingga tahun 1978)
2. Bapak H. Karsin Wirawiyata (1978 – 1981)
3. Bapak Nasrudin (1981 – 1991)
4. Bapak Kuswanto (1991 – 1998)
5. Bapak Sudir, S. Ag (1998 – 2001)
6. Bapak Kuswanto (2001 – 2007)
7. Bapak Sudir, S. Ag (2007 – sekarang)